Die GGS Neuwerk befindet sich an der Nespelerstraße 40 in der unmittelbaren Nähe des Schulzentrums Neuwerk mit der Hans Jonas Gesamtschule und der Katholischen Hauptschule Neuwerk. Im nahen Umkreis finden sich außerdem die Verwaltung des Stadtbezirks, das Krankenhaus Neuwerk, die katholische Kirchengemeinde, das Kloster der Salvatorinnen sowie der Verein „Menschen im Zentrum“. Die räumliche Nähe schafft gute Voraussetzungen für vielfältige Kooperationen.